Here is the code i am using
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$imagename=time().'.png';
$userfile_tmp = $_FILES['image']['tmp_name'];
$im = new Imagick($userfile_tmp);
// $im->flattenImages();
$im->setImageFormat('png');
// $im->paintTransparentImage('white', 0, 10000);
$im->paintTransparentImage($im->getImageBackgroundColor(), 0, 10000);
$im->setImageColorspace(imagick::COLORSPACE_CMYK);
$im->writeImage('pdftopng/'.$imagename);
$run = exec("convert pdftopng/".$imagename." -fill none -draw 'matte 0,0 floodfill' -shave 1x1 pdftopng/".$imagename);
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-transparent white